Die Freie Waldorfschule Soest wird gemeinschaftlich durch verschiedene Gremien und Konferenzen getragen.
Die Mitgliederversammlung wählt den Aufsichtsrat sowie den Vorstand des Fördervereins. Der Förderverein ist Eigentümer der Schulgebäude und unterstützt den Schulverein finanziell. Der Aufsichtsrat bestellt und begleitet die Vorstände des Schulvereins und wirkt an der langfristigen Entwicklung der Schule mit.
Die Erweiterte Schulleitung (ESL) besteht aus den Leitungen von Hort, Unterstufe und Oberstufe sowie derzeit unbesetzt der Mittelstufe sowie dem Vorstand. Gemeinsam berät und entscheidet sie wöchentlich über wichtige Schulfragen.
Auch die einzelnen Bereiche treffen sich regelmäßig in ihren jeweiligen Stufenkonferenzen (Unterstufen-, Oberstufenkonferenz und Hort). Zusätzlich kommen Kollegium und Mitarbeitende einmal pro Woche in der Gesamtkonferenz zusammen.
Die Schülerinnen und Schüler organisieren sich im Altbauparlament, aus dem auch die Schülervertretung hervorgeht.
Die Koordinatorinnen und Koordinatoren der Klassen treffen sich monatlich in der Elternkonferenz.
Darüber hinaus findet einmal im Monat eine offene Schulkonferenz statt. Sie dient dem Austausch über aktuelle Themen des Schullebens, trifft jedoch derzeit keine formalen Entscheidungen.